Il 14 agosto 1775, per decreto dell'imperatrice russa Caterina II, lo Zaporozhye Sich fu finalmente abolito. Dopo la riunificazione di una parte significativa della Piccola Russia con lo stato russo nel 1654, i privilegi furono estesi all'esercito di Zaporozhye, di cui godevano altre truppe cosacche russe. I cosacchi di Zaporozhye hanno svolto un ruolo importante. I cosacchi hanno difeso i confini meridionali della Russia, hanno svolto un ruolo di primo piano nelle guerre con il Khanato di Crimea e l'Impero ottomano. Pertanto, i cosacchi mantennero una certa autonomia dal governo centrale. Tuttavia, i cosacchi ripararono i fuggitivi che si nascondevano nello Zaporozhye Sich dalla persecuzione delle autorità zariste. Inoltre, c'era il pericolo di una rivolta contro il centro, un'alleanza con i nemici esterni della Russia.
Così, nel 1709, l'ataman koshevoy Kost Gordienko e l'hetman Mazepa firmarono un accordo alleato con il re svedese Carlo XII. Lo Zaporizhzhya Sich si unì all'alleanza di Mazepa e Karl contro la Russia. Ci furono diversi scontri tra i cosacchi e le truppe russe. Peter dà l'ordine al principe Menshikov di spostare tre reggimenti da Kiev al Sich sotto il comando del colonnello Yakovlev per "distruggere l'intero covo di rivoltosi". Il Sich fu distrutto e in seguito Pietro non permise che fosse ricostruito. I cosacchi fondarono sulle terre controllate dai turchi e dai tartari di Crimea, Kamenskaya (1709-1711) e Aleshkovskaya Sich (1711-1734). Tuttavia, non durarono a lungo.
Nel 1733, quando, dopo lo scoppio della guerra tra l'Impero russo e la Turchia, il Khan di Crimea ordinò ai cosacchi dell'Alyoshkovskaya Sich di recarsi al confine russo, il generale Veisbakh (a quel tempo era impegnato nella costruzione della nave ucraina linea di fortezze) ha presentato ai cosacchi un certificato nel tratto Krasny Kut, 4 verste dal vecchio Chertomlytskaya Sich. I cosacchi ricevettero una lettera dall'imperatrice Anna Ioannovna di perdono e accettazione della cittadinanza russa. Di conseguenza, fu creato il Nuovo (Podpolnenskaya, o Pidpilnyanskaya) Sich, esistito fino alla distruzione finale dello Zaporozhye Sich nel 1775.
Il nuovo Sich era molto diverso da quello vecchio. È diventata non solo un organismo militare, ma anche economico, politico. I cosacchi ricevettero il pieno autogoverno e le terre per l'insediamento. Sono apparse nuove strutture - "palanques". Queste erano una sorta di "province" dei Sich a Samara, Mius, Bug, Ingulets, ecc. Ogni palanka era governata da un colonnello, esaul e un impiegato, che erano subordinati a Kosh. Era la terra che divenne la principale fonte di reddito per i cosacchi, non il salario. Nelle vicinanze dei "winterchak" di Sich si stabilirono - cosacchi sposati, non avevano né il diritto di voto in parlamento, né il diritto di essere eletti alla carica e furono obbligati a pagare "fumo" al tesoro del Sich, cioè un una specie di tassa di famiglia. Oltre ai cosacchi sposati, iniziarono a chiamarsi così gli stranieri (principalmente contadini, poveri che cercavano una vita migliore), che provenivano dalle Grandi province russe, dalla riva destra dell'Ucraina e dai possedimenti turchi. Non erano considerati cosacchi, ma erano sudditi del Sich, fornivano cibo e pagavano 1 rublo all'anno. Gli abitanti del Sich vivevano di pesca, caccia, allevamento di bestiame, agricoltura e commercio. Il caposquadra riceveva entrate da dazi sull'importazione di merci, proprietà di terreni, pascoli, pesca.
I cosacchi obbedivano solo alle proprie leggi, per questioni minori venivano processati in palanchetti, per questioni significative - al koshevoy. L'autore del reato poteva essere consegnato alle autorità imperiali, ma il più delle volte erano loro stesse punite, fino alla pena di morte. Il Sich divenne rapidamente una delle regioni fiorenti della Russia. I palanchetti erano ricoperti di villaggi e fattorie.
Tuttavia, nel Sich c'erano anche gravi contraddizioni tra il caposquadra e il golot. Quindi, il governo zarista ha quasi immediatamente violato l'obbligo di distribuire annualmente Sich 20 mila rubli di stipendio. Già nel 1738, iniziarono a dare solo 4-7 mila. Il resto del denaro fu ordinato di essere pagato dai fondi dell'esercito, ma erano vuoti. Di conseguenza, le autorità hanno iniziato a imbrogliare: hanno distribuito "pubblicamente" 4 mila rubli, il resto del denaro è stato segretamente trasferito ai caposquadra, i capi dei kuren. Tuttavia, i cosacchi lo scoprirono rapidamente: nel 1739, il koshevoy Tukal e gli anziani rovesciarono, picchiarono e saccheggiarono le loro proprietà (il koshevoy fu picchiato così duramente che presto morì). In futuro, i capisquadra hanno continuato ad arricchirsi. In particolare, koshevoy Kalnyshevsky una volta vendette 14 mila cavalli dalle sue mandrie. I cosacchi ordinari erano in povertà, tutti i benefici andavano a favore del caposquadra.
I cosacchi ordinari lavoravano per il caposquadra, pescavano e si sviluppavano anche "gaidamastvo", cioè rapine. Nella parte inferiore del Bug, convergevano i confini russi, turchi e polacchi, che aiutarono a nascondersi dopo il saccheggio. Negli anni 1750 e 1760, Gaidamache divenne un vero disastro in questa zona. La gente aveva semplicemente paura di viaggiare attraverso la regione di Bug. Dalla Turchia e dalla Polonia arrivavano lamentele contro i cosacchi. Le istruzioni delle autorità imperiali stavano semplicemente "tenendo il freno". Il commercio era molto redditizio e molti dei capisquadra e dell'amministrazione dei palanques erano nella parte. Quando nel 1760, sotto la pressione delle autorità russe, Koshevoy Beletsky organizzò un raid per catturare i ladri, solo 40 persone furono in grado di arrestare. E anche allora i kuren ataman vietarono loro di essere distribuiti, li smantellarono in kuren e, dopo il pentimento, li rilasciarono. Quando il comando militare russo stabilì il pattugliamento del confine con la cavalleria regolare e cosacchi suburbani, iniziarono le schermaglie armate.
Sorse un'altra ragione per il conflitto tra il Sich e il governo centrale. Durante questo periodo, ci fu uno sviluppo attivo delle aree precedentemente vuote del Campo Selvaggio e i cosacchi iniziarono a difendere le loro terre "legittime". Hanno basato le loro affermazioni su un falso - "una copia della lettera di Stefan Batory", che avrebbe dato loro la terra vicino alla città di Chigirin, lungo Samara e il Bug meridionale, la riva sinistra del Dnepr al Seversky Donets. E poiché i sovrani russi, a cominciare da Alexei Mikhailovich, hanno confermato le "libertà dell'ex Zaporozhye", la stessa parola "libertà" ha iniziato a essere interpretata in senso territoriale. I cosacchi di Zaporozhian, difendendo le loro terre "legittime", non si fermarono all'uso della forza. Hanno bruciato diversi nuovi insediamenti, disperso gli abitanti del villaggio. Di conseguenza, i cosacchi divennero semplicemente insolenti, sfidando il governo centrale. Tuttavia, sotto Elizabeth e Hetman Razumovsky, se la sono cavata.
Sotto Caterina II la situazione cambiò. Ha preso sul serio gli affari dell'Ucraina sciolta. Nel 1763, Hetman Razumovsky, che alludeva allo status ereditario del suo incarico, si dimise "di sua spontanea volontà". Il Little Russian Collegium è stato restaurato. Il generale P. A. Rumyantsev è stato nominato presidente. Ha trovato un quadro di completo collasso in Ucraina. L'élite militare, che ha governato per conto di Razumovsky, è completamente sfuggita di mano. I capisquadra si trasformarono in onnipotenti nobili, veri e propri "principi" locali. Sono arrivati al punto che hanno combattuto tra loro, sfidando la terra, armando cosacchi e contadini. La popolazione era soggetta a uno sfruttamento spietato. I cosacchi ordinari o andarono in bancarotta, trasformandosi in braccianti agricoli o erano impegnati nell'agricoltura personale. Il decreto del 1721 sull'incoraggiamento della distillazione cosacca ebbe un effetto negativo sulle truppe. Molte persone si sono bevute fino alla morte, altre hanno bevuto i loro appezzamenti di terra bevendo. Di conseguenza, il piccolo esercito russo si decompose. Rumyantsev non poteva nemmeno organizzare l'ufficio postale: i ricchi non volevano servire, i poveri non avevano l'opportunità.
Era necessario adottare misure per ripristinare la capacità di combattimento delle truppe locali. Nel 1764, iniziarono a trasformare le unità cosacche in unità regolari. Dai reggimenti ucraini furono creati 5 ussari: nero, giallo, blu, serbo e Ugorsky. Inoltre, furono creati quattro reggimenti pikinersky (Elisavetgradsky, Dneprovsky, Donetsk e Lugansky). Più tardi, furono creati molti altri reggimenti di ussari e la milizia di terra fu riorganizzata in unità di fanteria. Nel complesso, l'Ucraina ha dovuto perdere il suo status speciale ed essere equiparata alle altre province russe. Sedersi in questi piani era un serio ostacolo.
L'attenzione è stata anche attirata sullo "stato nello stato" - lo Zaporozhye Sich. Nel 1764, Kosh fu subordinato al Little Russian Collegium. All'amministrazione Zaporozhye è stato attribuito il merito di non tenere più le elezioni. I cosacchi si indignarono e, contrariamente alle istruzioni, tennero nuove elezioni, eleggendo Kalnyshevsky koshevsky. Il nuovo koshevoy è andato a San Pietroburgo senza permesso per richiedere la subordinazione diretta del Collegio degli Esteri e sollevare la questione delle terre "legali" di Zaporozhye. Rumyantsev suggerì che l'imperatrice arrestasse i delegati. Fu redatto un progetto di riforma del Sich. Tuttavia, Catherine non ha preso misure dure, si stava avvicinando una nuova guerra con la Turchia, non volevano complicare la situazione nel sud. L'imperatrice ricevette gentilmente la delegazione. Ciò ispirò i cosacchi, tornando nel Sich iniziarono a vantarsi di aver "spaventato" il governo.
Nel 1767 fu ricevuta una denuncia secondo cui Koshevoy Kalnyshevsky e l'impiegato Ivan Globa stavano accettando di avviare negoziati con il sultano turco se il governo non avesse soddisfatto le loro richieste. Caterina lasciò la denuncia senza conseguenze, ma il destino del Sich era già scontato. La soluzione del problema fu solo rimandata alla fine della guerra con l'Impero ottomano.
La stessa leadership del Sich ha aggravato la sua posizione precaria. Non solo ha sfidato le autorità russe, ma è anche entrato in contatto con la Crimea e la Turchia. Alla vigilia della guerra, i cosacchi ricevettero lettere da Bakhchisarai e Istanbul, in cui furono tentati con la possibilità di passare al servizio della Turchia, promettendo un triplo stipendio. L'emissario francese Totleben ha visitato il Sich per conto del Sultano. Kalnyshevsky rifiutò i turchi, ma non interruppe la corrispondenza. Inoltre, ha permesso a Totleben di parlare con i cosacchi e non lo ha tradito con Rumyantsev. Cominciò la confusione tra la massa cosacca. Quando, nel dicembre 1768, i cosacchi ricevettero l'ordine di iniziare una guerra con la Turchia, si ribellarono. Kalnyshevsky dovette non solo sopprimere la ribellione, ma anche chiedere aiuto alla guarnigione russa dal ridimensionamento di Novosechensky. I disordini continuarono per diversi mesi, i cosacchi lasciarono i confini e i tartari irruppero in Ucraina nel gennaio 1769.
Nella guerra russo-turca del 1768-1774. Vi parteciparono 10mila cosacchi (circa 4mila rimasero sul territorio del Sich). Nella guerra mostrarono elevate qualità di combattimento, si distinsero nelle ricognizioni e nelle incursioni e giocarono un ruolo importante nelle battaglie di Larga e Cahul. La vittoria in questa guerra fu un'altra ragione per l'eliminazione dell'esercito di Zaporozhye. Con la conclusione dell'accordo Kuchuk-Kainardzhiyskiy, l'Impero russo ottenne l'accesso al Mar Nero, fu creata la linea difensiva del Dnepr, il Khanato di Crimea era sull'orlo della distruzione. Il secondo nemico storico della Russia, la cattolica Polonia, perse il suo potere e nel 1772 avvenne la sua prima spartizione. I cosacchi di Zaporozhye persero il loro ruolo di difensori dei confini meridionali.
Nel maggio 1775, il corpo del generale Peter Tekeli fu trasferito nel Sich. L'operazione è stata incruenta. Gli anziani, rendendosi conto che la resistenza era inutile, insieme ai sacerdoti, calmarono i cosacchi di base. Per decreto di Caterina lo Zaporizhzhya Sich fu abolito. I cosacchi ordinari non furono perseguitati. Alcuni rimasero in Ucraina e si stabilirono in villaggi e città. Alcuni dei comandanti ricevettero gradi di ufficiali, i capisquadra divennero nobili. Solo tre cosacchi - Kalnyshevsky, il giudice militare Pavel Golovaty e l'impiegato Globa furono condannati con l'accusa di tradimento ed esiliati nei monasteri. Kalnyshevsky visse nel monastero di Solovetsky fino all'età di 112 anni e morì nel 1803, assumendo la dignità monastica.
Parte dei cosacchi andò sul Danubio sotto il dominio del sultano turco e fu creato il Sich transdanubiano. Nel 1828, i cosacchi transdanubiani passarono dalla parte dell'esercito russo e furono graziati personalmente dallo zar Nicola I. Da loro fu creato l'esercito cosacco di Azov. In Russia, durante la guerra con la Turchia, Alexander Suvorov nel 1787-1788. dai cosacchi dell'ex Sich e dai loro discendenti, organizzò l'"Esercito dei leali Zaporozhiani". Nel 1790 fu trasformato nell'esercito cosacco del Mar Nero e poi ricevette il territorio della riva sinistra del Kuban. I cosacchi presero parte attiva alla guerra del Caucaso e ad altre guerre dell'Impero russo.